暗部成員人數是70人，無一不是優中選優的絕對精銳。
成員等級由上至下分彆是總隊長、副總隊長、分隊長、班長、普通成員。
總隊長協助火影管理暗部的一切事務，副總隊長協助總隊長完成各項工作。
一共設置四個分隊，設分隊長一名，每個分隊加上分隊長共17人，下轄四個班。
每個班由四名忍者組成，分彆是一名班長和三名成員。
之前暗部的總隊長是一個完全由猿飛日斬一手提拔的優秀平民忍者，副總隊長是猿飛日斬得大兒子猿飛新之助，也就是後來木葉丸的父親，四個分隊長，則是千手扉間當初留下的那幾個。
這樣的安排，在最大程度的保證暗部的忠誠的同時，又保存了暗部的實力。
不過猿飛日斬不知道的是，整個暗部除了他的兒子猿飛新之助，其他人，早就被宇智波斷給控製了。
要知道宇智波斷和大蛇丸對於洗腦的研究可不是沒有進展。
這些人平日裡隻是不表現，配合著猿飛日斬哄宇智波斷開心罷了。
若非如此，這些人也不會在後來猿飛日斬詐死複活後，對他冷眼旁觀，宇智波斷更不會放心讓這些人繼續保護綱手。
不過當下嘛
除了那個無論是年齡還是實力都不夠資格的猿飛新之助被直接擼了，暗部隻有總隊長的職務發生了變化，原總隊長而今是暗部的副總隊長。
宇智波斷直接毫不避諱地推薦了旗木朔茂擔任暗部的總隊長。
綱手自然毫不猶豫地同意了這一任命。
所以，現在的暗部總隊長，變成了旗木朔茂。
負責輔助綱手進行暗部成員的篩選、訓練、考核，以及任務安排等工作。
對於這樣的任命，旗木朔茂受寵若驚的同時，也感覺壓力山大。
因為這意味著綱手的安全將由他全權負責。
一旦出現任何的紕漏，連他自己都無法原諒自己。
不過在宇智波斷表示會從旁協助後，旗木朔茂狠狠鬆了口氣。
同時綱手還頒布了暗部忍者全新的篩選、訓練、考核流程，使其更加的細致，也方便旗木朔茂更快地接手。
新官上任三把火，除了暗部，其他各個部門也需要大刀闊斧的進行改革以及人員調整。
暗部人才多，宇智波斷選擇了控製，對於其他部門，他才沒那個閒工夫。
綱手二話不說就將之前的情報部部長擼了，換成了中山勝彥。
情報部負責情報，下設審訊班、拷問班和暗號班。
外出打探情報的同時，還負責對被捕的敵國忍者進行監控和拷問。
行政部的部長也發生了變化。
行政部是火影的輔助機構，負責協助火影管理木葉的政務。
比如提供政務管理、法律製定以及作為火影與火之國之間的橋梁，傳達國家信息並處理財政事務等等。
木葉忍者任務的安排，也是由這一部門轄下的任務部負責。
這是一個相當位高權重的部門，人員眾多不說，其負責人職權更是相當於是一個國家的宰相。
原來行政部的部長是身為火影輔佐的誌村團藏。
不過因為猿飛日斬不放權，誌村團藏所能行使的權力隻有其中的很小一部分。
更多的權力都被猿飛日斬本人大包大攬。